| Year | Rnd | Ovl | Phase | Player | Drafting Team | Pos | HiLvl | Played | Src | Drafted From | SF | State | AB | 2B | 3B | HR | RBI | SB | BAVG | W | L | ERA | SV | IP | SO | GS |
| 2005 | 1 | 9 | June-Reg | Mike Pelfrey | New York Mets | P | MLB | 2003-2013 | C | Wichita State University | SF | KS | 264 | 5 | 0 | 0 | 13 | 0 | .098 | 50 | 54 | 4.36 | 1 | 896 | 506 | 149 |
| 2005 | 4 | 119 | June-Reg | Hector Pellot | New York Mets | 2b | AA | 2006-2012 | H | Puerto Rico Baseball Acad (Gurabo,PR) | SF | PR | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 5 | 149 | June-Reg | Drew Butera | New York Mets | c | MLB | 2003-2013 | C | University of Central Florida | SF | FL | 487 | 21 | 2 | 5 | 41 | 0 | .183 | 0 | 0 | 0.00 | 0 | 1 | 1 | 0 |
| 2005 | 6 | 179 | June-Reg | Greg Cain | New York Mets | of | RK | 2005-2006 | H | Gahr (Cerritos,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 7 | 209 | June-Reg | Jon Niese | New York Mets | P | MLB | 2005-2013 | H | Defiance (Defiance,OH) | SF | OH | 171 | 2 | 1 | 0 | 6 | 0 | .158 | 35 | 32 | 4.06 | 0 | 561 | 470 | 94 |
| 2005 | 8 | 239 | June-Reg | Sean McCraw | New York Mets | C | AA | 2005-2011 | C | San Jacinto College | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 9 | 269 | June-Reg | Bobby Parnell | New York Mets | P | MLB | 2003-2013 | C | Charleston Southern University | SF | SC | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | .111 | 13 | 19 | 3.83 | 14 | 256 | 235 | 8 |
| 2005 | 10 | 299 | June-Reg | Courtney Billingslea | New York Mets | OF | RK | 2005-2012 | C | Sinclair Community College | SF | OH | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 11 | 329 | June-Reg | Luis Martinez ** | New York Mets | c | MLB | 2007-2013 | C | Jackson State Community College | SF | TN | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 12 | 359 | June-Reg | Matthew Spath | New York Mets | of | RK | 2005-2006 | H | Flagler Palm Coast (Bunnell,FL) | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 13 | 389 | June-Reg | Josh Thole | New York Mets | c | MLB | 2005-2013 | H | Mater Dei (Breese,IL) | SF | IL | 916 | 41 | 2 | 7 | 87 | 2 | .261 | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 14 | 419 | June-Reg | Ian Marshall ** | New York Mets | P | A+ | 2006-2012 | H | Gaithersburg (Gaithersburg,MD) | SF | MD | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 15 | 449 | June-Reg | Daniel Martin ** | New York Mets | P | NCAA | 2009-2009 | H | Harleton (Marshall,TX) | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 16 | 479 | June-Reg | Eric Domangue | New York Mets | P | A | 2005-2009 | C | Alvin Community College | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 17 | 509 | June-Reg | Pedro Beato ** | New York Mets | P | MLB | 2006-2013 | H | Xaverian (Brooklyn,NY) | SF | NY | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 18 | 539 | June-Reg | Eric Brown | New York Mets | P | AA | 2005-2009 | C | Wingate University | SF | NC | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 19 | 569 | June-Reg | Tim Grogan | New York Mets | 3b | A- | 2003-2010 | C | Western Kentucky University | SF | KY | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 20 | 599 | June-Reg | Cody Railsback | New York Mets | P | A | 2007-2012 | H | Ryan (Denton,TX) | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 21 | 629 | June-Reg | Joe Holden | New York Mets | OF | A+ | 2005-2012 | C | Molloy College | SF | NY | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 22 | 659 | June-Reg | Preston Paramore ** | New York Mets | c | AAA | 2006-2012 | H | Allen (Allen,TX) | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 23 | 689 | June-Reg | Joe D'Alessandro | New York Mets | P | A | 2005-2012 | C | The College of New Jersey | SF | NJ | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 24 | 719 | June-Reg | Kyle Risinger | New York Mets | P | A- | 2005-2005 | C | Galveston College | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 25 | 749 | June-Reg | D.J. Wabick | New York Mets | 1b | AAA | 2005-2010 | C | College of Charleston | SF | SC | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 26 | 779 | June-Reg | Doak Tomasiewicz | New York Mets | P | AA | 2005-2008 | C | University of Wisconsin-Whitewater | SF | WI | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 27 | 809 | June-Reg | David Koons | New York Mets | P | A | 2005-2008 | C | Saint Leo University | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 28 | 839 | June-Reg | Greg Gonzalez | New York Mets | of | A- | 2005-2005 | C | Chico State | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 29 | 869 | June-Reg | Sal Aguilar | New York Mets | P | AA | 2001-2009 | C | Lewis-Clark State College | SF | ID | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 30 | 899 | June-Reg | Steve Holquin | New York Mets | P | RK | 2005-2006 | C | Porterville College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 31 | 929 | June-Reg | Matt Anderson | New York Mets | 3b | A- | 2002-2005 | C | University of California-Irvine | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 32 | 959 | June-Reg | Jose Castro | New York Mets | SS | AAA | 2005-2012 | C | Miami-Dade College | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 33 | 989 | June-Reg | Daniel Arizmendi | New York Mets | P | RK | 2005-2007 | C | Santa Ana College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 34 | 1019 | June-Reg | Joe Mihalics | New York Mets | 2B | A | 2002-2007 | C | University at Buffalo | SF | NY | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 35 | 1049 | June-Reg | Michael Sharpe | New York Mets | of | A- | 2005-2006 | C | St. Thomas Aquinas College | SF | NY | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 36 | 1079 | June-Reg | Jeramy Simmons | New York Mets | P | AA | 2004-2007 | C | University of South Alabama | SF | AL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 37 | 1109 | June-Reg | Alexis Beras | New York Mets | P | A+ | 2005-2008 | C | University of Scranton | SF | PA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 38 | 1139 | June-Reg | Pierre Miville-Deschenes | New York Mets | P | NCAA | 2009-2010 | H | Edouard Montpetit (Montreal,QC) | SF | QC | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 39 | 1169 | June-Reg | Colin Thomson | New York Mets | P | - | H | Mountain View (Mesa,AZ) | SF | AZ | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2005 | 40 | 1198 | June-Reg | Jake Blackwood ** | New York Mets | 2B | AA | 2006-2013 | C | Maple Woods Community College | SF | MO | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 41 | 1227 | June-Reg | Nick Carr | New York Mets | P | A+ | 2006-2012 | H | Twin Falls (Twin Falls,ID) | SF | ID | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 42 | 1256 | June-Reg | Jared Barkdoll | New York Mets | C | NCAA | 2006-2009 | H | Greencastle-Antrim (Greencastle,PA) | SF | PA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 43 | 1285 | June-Reg | Javier Brown ** | New York Mets | ss | RK | 2008-2010 | H | Valhalla (El Cajon,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 44 | 1314 | June-Reg | Phillip Pursino | New York Mets | c | NCAA | 2007-2009 | H | St. Dominic's (Oyster Bay,NY) | SF | NY | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 45 | 1343 | June-Reg | Anthony Manuel | New York Mets | 2B | A | 2005-2010 | C | Biola University | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 46 | 1372 | June-Reg | Peter Tountas ** | New York Mets | SS | Ind | 2008-2011 | H | Maine South (Park Ridge,IL) | SF | IL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 47 | 1401 | June-Reg | Samuel Lane | New York Mets | P | - | H | Pedro Menendez (Elkton,FL) | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2005 | 48 | 1429 | June-Reg | Jeremy Hefner ** | New York Mets | P | MLB | 2007-2013 | C | Seminole State College | SF | OK | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 49 | 1456 | June-Reg | Will Jostock | New York Mets | P | RK | 2005-2006 | C | Pensacola State College | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 50 | 1483 | June-Reg | Julio Rodriguez | New York Mets | OF | - | C | Wabash Valley College | SF | IL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |