| Year | Rnd | Ovl | Phase | Player | Drafting Team | Pos | HiLvl | Played | Src | Drafted From | SF | State | AB | 2B | 3B | HR | RBI | SB | BAVG | W | L | ERA | SV | IP | SO | GS |
| 2001 | 1 | 14 | June-Reg | Jake Gautreau | San Diego Padres | IF | AAA | 1999-2008 | C | Tulane University | SF | LA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 2 | 58 | June-Reg | Matt Harrington ** | San Diego Padres | P | Ind | 2001-2007 | H | Palmdale (Palmdale,CA) | SF | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2001 | 3 | 90 | June-Reg | Tagg Bozied | San Diego Padres | IF | AAA | 2000-2011 | C | University of San Francisco | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 4 | 120 | June-Reg | Josh Barfield | San Diego Padres | IF | MLB | 2001-2012 | H | Klein (Klein,TX) | SF | TX | 1012 | 53 | 6 | 16 | 112 | 35 | .264 | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 5 | 150 | June-Reg | Greg Sain | San Diego Padres | IF | AAA | 2001-2006 | C | University of San Diego | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 7 | 210 | June-Reg | Doc Brooks | San Diego Padres | OF | AA | 1999-2008 | C | University of Georgia | SF | GA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 8 | 240 | June-Reg | David Pauley | San Diego Padres | P | MLB | 2001-2012 | H | Longmont (Longmont,CO) | SF | CO | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | 9 | 19 | 4.68 | 0 | 210 | 122 | 20 |
| 2001 | 9 | 270 | June-Reg | Jon Benick | San Diego Padres | 1B | AA | 1998-2006 | C | University of Virginia | SF | VA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 10 | 300 | June-Reg | Ben Fox | San Diego Padres | P | A | 2001-2009 | C | Dixie State College of Utah | SF | UT | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 11 | 330 | June-Reg | Marcus Nettles | San Diego Padres | OF | AAA | 1999-2009 | C | University of Miami | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 12 | 360 | June-Reg | Jordan Pickens | San Diego Padres | 1B | A+ | 2001-2005 | C | Cuesta College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 13 | 390 | June-Reg | Jason Bartlett | San Diego Padres | IF | MLB | 2000-2012 | C | University of Oklahoma | SF | OK | 3138 | 156 | 26 | 31 | 286 | 123 | .271 | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 14 | 420 | June-Reg | Josh Carter | San Diego Padres | OF | AA | 1999-2008 | C | Oregon State University | SF | OR | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 15 | 450 | June-Reg | Carlos Fisher | San Diego Padres | OF | MLB | 2006-2013 | H | Duarte (Duarte,CA) | SF | CA | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | .000 | 2 | 5 | 4.74 | 0 | 99 | 86 | 0 |
| 2001 | 16 | 480 | June-Reg | Jon Brandt | San Diego Padres | P | A- | 1999-2001 | C | UCLA | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 17 | 510 | June-Reg | Trevor Brown | San Diego Padres | C | A | 2001-2005 | C | Lewis and Clark College | SF | OR | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 18 | 540 | June-Reg | Scott Shapiro | San Diego Padres | P | NCAA | 2002-2004 | H | St. Augustine (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 19 | 570 | June-Reg | Jason Anderegg | San Diego Padres | P | A- | 2001-2002 | C | Belmont University | SF | TN | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 20 | 600 | June-Reg | Jeremy Slayden ** | San Diego Padres | OF | AAA | 2002-2011 | H | Oakland (Mufreesboro,TN) | SF | TN | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 21 | 630 | June-Reg | Rusty Tucker | San Diego Padres | P | AA | 2001-2009 | C | University of Maine | SF | ME | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 22 | 660 | June-Reg | Drew Macias ** | San Diego Padres | CF | MLB | 2003-2012 | H | Alta Loma (Alta Loma,CA) | SF | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2001 | 23 | 690 | June-Reg | Kyle Cullinan ** | San Diego Padres | 3B | - | H | Fullerton (Fullerton,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2001 | 24 | 720 | June-Reg | Joe Hastings | San Diego Padres | IF | AA | 1981-2004 | C | East Carolina University | SF | NC | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 25 | 750 | June-Reg | Scott Kelly ** | San Diego Padres | P | Ind | 2009-2010 | C | Missouri Valley College | SF | MO | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 26 | 780 | June-Reg | Matt Hellman | San Diego Padres | OF | AAA | 2001-2002 | C | Lewis and Clark College | SF | OR | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 27 | 810 | June-Reg | Elliot Singletary | San Diego Padres | 2B | NCAA | 2004-2005 | H | North Fort Myers (Fort Myers,FL) | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 28 | 840 | June-Reg | Mike Watson ** | San Diego Padres | P | A+ | 2002-2005 | C | Midland College | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 29 | 870 | June-Reg | Brendan Katin ** | San Diego Padres | C | AAA | 2004-2011 | H | Fort Myers (Fort Myers,FL) | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 30 | 900 | June-Reg | Matt Hobbs ** | San Diego Padres | NCAA | 2000-2002 | C | University of Missouri | SF | MO | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2001 | 32 | 960 | June-Reg | Irving Falu ** | San Diego Padres | 2B | MLB | 2003-2013 | H | -- | SF | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2001 | 33 | 990 | June-Reg | Rashad Smith ** | San Diego Padres | OF | A | 2002-2004 | C | Lambuth University | SF | TN | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 34 | 1020 | June-Reg | Zach Wykoff | San Diego Padres | P | A- | 2001-2002 | H | -- | SF | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2001 | 35 | 1050 | June-Reg | Chad Etheridge ** | San Diego Padres | LF | RK | 2003-2005 | H | Friendship Christian (Lebanon,TN) | SF | TN | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 36 | 1080 | June-Reg | Shawn LeBlanc | San Diego Padres | P | NCAA | 2004-2004 | H | H.L. Bourgeois (Gray,LA) | SF | LA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 37 | 1110 | June-Reg | John Coker | San Diego Padres | OF | Ind | 2004-2005 | H | Muskogee (Muskogee,OK) | SF | OK | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 38 | 1140 | June-Reg | Anthony Lester | San Diego Padres | C-OF | RK | 2002-2003 | C | Hillsborough Community College | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2001 | 39 | 1170 | June-Reg | Nick Walter | San Diego Padres | OF | - | H | Hun School (Princeton,NJ) | SF | NJ | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2001 | 40 | 1200 | June-Reg | Josh Archer | San Diego Padres | NCAA | 2002-2005 | H | Henry County (Paris,TN) | SF | TN | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2001 | 41 | 1229 | June-Reg | Marcos Martinez | San Diego Padres | 1B | - | C | Chaffey College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |