| Year | Rnd | Ovl | Phase | Player | Drafting Team | Pos | HiLvl | Played | Src | Drafted From | SF | State | AB | 2B | 3B | HR | RBI | SB | BAVG | W | L | ERA | SV | IP | SO | GS |
| 1999 | 1 | 20 | June-Reg | Vince Faison | San Diego Padres | OF | AAA | 1999-2007 | H | Toombs County (Lyons,GA) | SF | GA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 1 | 28 | June-Reg | Gerik Baxter | San Diego Padres | P | A | 1999-2000 | H | Edmonds-Woodway (Edmonds,WA) | SF | WA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 1 | 29 | June-Reg | Omar Ortiz | San Diego Padres | P | AA | 1997-2003 | C | University of Texas-Pan American | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 1 | 41 | June-Reg | Casey Burns | San Diego Padres | P | A | 1999-2001 | C | University of Richmond | SF | VA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 1 | 49 | June-Reg | Mike Bynum | San Diego Padres | P | MLB | 1997-2005 | C | University of North Carolina | SF | NC | 18 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | .167 | 2 | 5 | 7.73 | 0 | 64 | 52 | 8 |
| 1999 | 1 | 51 | June-Reg | Nick Trzesniak | San Diego Padres | C | AAA | 1999-2008 | H | Andrew (Tinley Park,IL) | SF | IL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 2 | 79 | June-Reg | Alberto Concepcion ** | San Diego Padres | C-3B | AAA | 2000-2008 | H | El Segundo (El Segundo,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 3 | 112 | June-Reg | Joshua Vitek | San Diego Padres | P | A- | 1999-2001 | H | Fayetteville (Fayetteville,TX) | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 4 | 142 | June-Reg | Jason Moore | San Diego Padres | SS-2B | AA | 1998-2003 | C | University of Texas | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 5 | 148 | June-Reg | Chris Heck | San Diego Padres | P | RK | 1999-2000 | C | Clemson University | SF | SC | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 5 | 172 | June-Reg | Mike Thompson | San Diego Padres | P | MLB | 1999-2010 | H | Lamar (Lamar,CO) | SF | CO | 27 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | .148 | 4 | 6 | 5.27 | 0 | 108 | 40 | 16 |
| 1999 | 6 | 202 | June-Reg | Blair DeHart | San Diego Padres | P | AA | 1999-2002 | C | James Madison University | SF | VA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 7 | 232 | June-Reg | John Scheschuk | San Diego Padres | 1B | AAA | 1998-2002 | C | Texas A&M University | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 8 | 262 | June-Reg | Todd Donovan | San Diego Padres | OF | AAA | 1999-2009 | C | Siena College | SF | NY | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 9 | 292 | June-Reg | John Puccinelli | San Diego Padres | 3B | A | 1999-2002 | H | Notre Dame (Sherman Oaks,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 10 | 322 | June-Reg | Todd Shiyuk | San Diego Padres | P | AA | 1999-2002 | C | University of Alabama-Huntsville | SF | AL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 11 | 352 | June-Reg | Brian Adams ** | San Diego Padres | P | AAA | 1997-2010 | C | Clemson University | SF | SC | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 12 | 382 | June-Reg | Brian Ward | San Diego Padres | IF | A+ | 1999-2005 | C | North Carolina State University | SF | NC | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 13 | 412 | June-Reg | Tony Adler ** | San Diego Padres | P | A | 2000-2004 | H | Greenhill School (Addison,TX) | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 14 | 442 | June-Reg | Bobby Scales | San Diego Padres | 2B | MLB | 1996-2012 | C | University of Texas-San Antonio | SF | TX | 137 | 8 | 2 | 3 | 17 | 1 | .248 | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 15 | 472 | June-Reg | Jake Peavy | San Diego Padres | P | MLB | 1999-2013 | H | St. Paul's Episcopal (Mobile,AL) | SF | AL | 418 | 14 | 1 | 2 | 27 | 0 | .177 | 120 | 93 | 3.46 | 0 | 1800 | 1748 | 282 |
| 1999 | 16 | 502 | June-Reg | Gregory Ienni | San Diego Padres | CF | RK | 1999-1999 | C | Cal State Los Angeles | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 17 | 532 | June-Reg | Brandon Fahey ** | San Diego Padres | SS-3B | MLB | 2002-2008 | H | Duncanville (Duncanville,TX) | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 18 | 562 | June-Reg | Andres Pagan | San Diego Padres | C | A+ | 1999-2005 | H | Luis Munoz Marin (Anasco,PR) | SF | PR | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 19 | 592 | June-Reg | Jake Huff | San Diego Padres | C | AA | 1999-2001 | C | Mesa State College | SF | CO | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 20 | 622 | June-Reg | Matt Moran | San Diego Padres | P | NCAA | 2001-2002 | C | Cosumnes River College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 21 | 652 | June-Reg | Troy Schader | San Diego Padres | SS | A+ | 1997-2001 | C | Oregon State University | SF | OR | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 22 | 682 | June-Reg | Kevin Howard ** | San Diego Padres | AAA | 2000-2012 | H | Westlake (Westlake Village,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1999 | 23 | 712 | June-Reg | Mike Mueller ** | San Diego Padres | P | A+ | 2002-2004 | H | West Bend East (West Bend,WI) | SF | WI | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 24 | 742 | June-Reg | Jeremy Alford | San Diego Padres | NCAA | 2001-2004 | H | Benton (Benton,LA) | SF | LA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1999 | 25 | 772 | June-Reg | Anthony Vandemore | San Diego Padres | RF | A | 1999-2000 | C | Truman State University | SF | MO | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 26 | 802 | June-Reg | Shawn Lynn | San Diego Padres | P | - | C | Seminole State College of Florida | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1999 | 27 | 832 | June-Reg | Christopher Adolph | San Diego Padres | OF | - | C | University of Nevada | SF | NV | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1999 | 28 | 862 | June-Reg | Chad Dias | San Diego Padres | Ind | 2000-2003 | C | Bellevue Community College | SF | WA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1999 | 29 | 892 | June-Reg | Barry Long | San Diego Padres | OF | - | H | Evans (Evans,GA) | SF | GA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1999 | 30 | 922 | June-Reg | Jason Hammond ** | San Diego Padres | CF | - | H | West Hills (Santee,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1999 | 31 | 952 | June-Reg | Jarrett Roenicke ** | San Diego Padres | RF | A- | 2000-2003 | C | Yuba Community College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 32 | 982 | June-Reg | Jeremy Webster | San Diego Padres | P | A+ | 1999-2002 | C | Salt Lake Community College | SF | UT | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 33 | 1012 | June-Reg | Shawn Hill ** | San Diego Padres | P | MLB | 2000-2013 | H | Bishop P.F. Reding Cathol (Georgetown,ON) | SF | ON | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 34 | 1042 | June-Reg | Michael Saunches ** | San Diego Padres | 1B | RK | 2002-2003 | H | Argenta-Oreana (Argenta,IL) | SF | IL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 35 | 1072 | June-Reg | Removed Player | San Diego Padres | RK | 1998-1999 | C | Stanford University | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1999 | 36 | 1102 | June-Reg | Anthony Bianucci ** | San Diego Padres | OF | RK | 2002-2003 | H | Wilbert Tucker Woodson (Fairfax,VA) | SF | VA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1999 | 37 | 1132 | June-Reg | Kevin Okimoto | San Diego Padres | 1B | - | C | Santa Clara University | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1999 | 38 | 1162 | June-Reg | Marcellus Dawson ** | San Diego Padres | NCAA | 2002-2003 | H | Wauwatosa East (Milwaukee,WI) | SF | WI | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1999 | 39 | 1192 | June-Reg | Chris Wilkins | San Diego Padres | NCAA | 2000-2001 | H | The Dalles (The Dalles,OR) | SF | OR | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1999 | 40 | 1222 | June-Reg | Jared Vance | San Diego Padres | P | - | H | Connorsville (Connorsville,IN) | SF | IN | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |