| Year | Rnd | Ovl | Phase | Player | Drafting Team | Pos | HiLvl | Played | Src | Drafted From | SF | State | AB | 2B | 3B | HR | RBI | SB | BAVG | W | L | ERA | SV | IP | SO | GS |
| 2008 | 45 | 1358 | June-Reg | Nicholas Croce | Atlanta Braves | C | - | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2005 | 1 | 39 | June-Reg | Henry Sanchez | Minnesota Twins | 1b | A | 2005-2009 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2005 | 40 | 1193 | June-Reg | Anthony Williams | Washington Nationals | OF | - | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2004 | 1 | 1 | June-Reg | Matt Bush | San Diego Padres | SS | AA | 2004-2011 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2004 | 38 | 1136 | June-Reg | Lorenzo Church | Arizona Diamondbacks | P | A- | 2005-2006 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2004 | 50 | 1497 | June-Reg | Garrett Lingle | San Francisco Giants | 2B | Ind | 2009-2009 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2003 | 50 | 1461 | June-Reg | Adam Ricciardulli | Baltimore Orioles | OF | - | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1999 | 30 | 901 | June-Reg | Richard Frink | Kansas City Royals | C | - | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1998 | 3 | 103 | June-Reg | Darryl Conyer | Arizona Diamondbacks | OF | RK | 1998-2000 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1998 | 37 | 1121 | June-Reg | Adrian Walker | Atlanta Braves | P | RK | 1999-1999 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1998 | 42 | 1263 | June-Reg | Ben Leuthard ** | New York Mets | P | NCAA | 1999-2003 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1997 | 24 | 741 | June-Reg | Reggie Nelson | Cleveland Indians | SS | A+ | 1998-2002 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1996 | 2 | 58 | June-Reg | Josh Glassey | Los Angeles Dodgers | OF | AAA | 1996-2002 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1996 | 86 | 1712 | June-Reg | Adam Wilson | New York Yankees | SS | - | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1995 | 11 | 287 | June-Reg | Matt Hammons | Chicago Cubs | P | AAA | 1995-2011 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1993 | 38 | 1062 | June-Reg | Daniel Gil | Chicago Cubs | Of | A | 1993-1995 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1991 | 38 | 990 | June-Reg | Marlon Gardinera | Houston Astros | Of | NCAA | 1994-1994 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1990 | 84 | 1455 | June-Reg | Patrick Bettancourt | Houston Astros | 3B | - | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1989 | 26 | 680 | June-Reg | Sean Darrock | Boston Red Sox | OF | - | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1987 | 7 | 188 | June-Reg | Scott Vonderlieth | Boston Red Sox | P | A | 1991-1992 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1982 | 11 | 277 | June-Reg | John Miller | Houston Astros | 3B | A | 1982-1985 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1979 | 37 | 842 | June-Reg | Joel Skinner | Pittsburgh Pirates | C | MLB | 1980-1994 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | 1441 | 62 | 3 | 17 | 136 | 3 | .228 | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1977 | 16 | 400 | June-Reg | Jeff Stadler | San Francisco Giants | p | AA | 1977-1985 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1972 | 28 | 633 | June-Reg | David Morrison | Minnesota Twins | OF-p | - | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1970 | 8 | 175 | June-Reg | Rick Sanderlin | Houston Astros | OF | AAA | 1977-1979 | H | Mission Bay (San Diego,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |